С открытием медицинского института осуществлялось и военно-медицинское обучение студентов для подготовки офицеров медицинской службы запаса. Сначала (с1931г. по 1935г.) она проводилась военными руководителями института (Брукендалов В., Сукин Н.Т., Петров В.М.).

Преподавались санитарно – химическая оборона и санитарная тактика.

В январе 1938 г. была создана военная кафедра. Первым заведующим кафедрой был назначен Чудинов В.В.  В штате военной  кафедры было 4 человека (Постановление СНК СССР от 10 ноября 1937г. и ВКВШ от 2 февраля 1938г.). С 16 февраля 1939г. было организовано преподавание отдельных военно-медицинских дисциплин на смежных кафедрах института.

Так, при кафедре госпитальной хирургии был организован кабинет военно-полевой хирургии. Преподавание токсикологии отравляющих веществ велось на кафедре фармакологии как самостоятельный курс, вел его доцент Севастьянов Г.Т.

Сотрудники военной кафедры вели оборонно-массовую и спортивную работу в институте. Военная кафедра в годы войны также принимала участие в работе ОСОВИАХИМа, позднее ДОСААФ.

Дальнейшее своё развитие кафедра получает в военное и послевоенное время. С 1944 года оснащение кафедры пополнилось комплектно-табельным медицинским имуществом полка. Кафедра размещалась в 5 комнатах во 2-ом корпусе. К концу 1945 года на военной кафедре работали  уже один профессор — Рабинович Л.А., один доцент — Чудинов В.В., 8 старших преподавателей.

На кафедре постоянно велась научно-исследовательская работа оборонного значения. Были защищены диссертации по организации и тактике медицинской службы, токсикологии, медицинскому снабжению (профессор Рабинович Л.А., доцент Беляков А.А., доцент Чудинов В.В., профессор Сиверцев И.И).  На кафедре работали заслуженный фармацевт КазССР Денисенко Г.М., заслуженные врачи КазССР Еремьянц А.М. и Савченко А.П.

С момента создания Вооруженных Сил Республики Казахстан до настоящего времени военная кафедра подготовила 5725 офицеров медицинской службы запаса.

Многие выпускники института стали военными врачами, занимали ответственные посты  в ВС СССР  (генерал-полковник м/с, профессор  Гайдар Б.В.- начальник Военно-медицинской академии, генерал-майор м/с Добриков Э.В. – начальник медицинской службы Южной группы войск,  профессор Полумисков Ю.М. – начальник кафедры военно – медицинского факультета при ЦОЛИУВ).

Выпускники военной кафедры нашего университета проходили службу в рядах ВС РК на руководящих должностях. Среди них генерал-майор медицинской службы Нурмагамбетов Т.С. — первый начальник Военно-медицинского управления МО РК, полковник м/с Дубинин С.Н. – первый главный провизор  МО РК, полковник м/с Высочин А.С. – первый главный хирург МО РК.

С образованием Республики Казахстан основной задачей кафедры является подготовка офицеров медицинской службы запаса для Вооружённых Сил Республики Казахстан. Штатным расписанием кафедры предусмотрено 9 преподавателей и 8 человек учебно-вспомогательного персонала.

Кафедра готовит военных врачей по следующим военно-учётным специальностям:

— лечебное дело в наземных войсках,

— стоматология общая,

— гигиена общая, эпидемиология общая,

— фармация.

На кафедре оборудованы специализированные классы для проведения общевоенной подготовки, организации и тактики медицинской службы, военной токсикологии и медицинской защиты от ядерного и химического оружия, организации обеспечения медицинским имуществом. Военно-полевая хирургия, военно-полевая терапия, военная гигиена и военная эпидемилогия, военная стоматология проводится на базе клинических кафедр университета.

Для проведения занятий используются комплектно-табельное медицинское имущество, палаточный фонд и импровизированное полевое оснащение медицинской роты бригады и отдельных элементов Отдельного медицинского батальона (отряда), приборы радиационной и химической разведки, средства индивидуальной защиты.

Первым начальником военной кафедры был военный врач 3-го ранга, доцент Виталий Васильевич Чудинов.

Затем кафедрой руководили:

-полковник м/с, профессор         Рабинович Л.А. (1945-1949 гг)

— полковник м/с                  Князев И.П.  (1949 – 1956 гг )

— полковник м/с                  Жарылкапов С.Ж. (1956-1957 гг)

— полковник м/с, к.м.н.       Беляков А.А.  ( 1957 – 1963 гг )

— полковник м/с                  Абенов К.А. (1963-1976 гг)

— полковник м/с                  Еремьянц А.М. (1976-1983 гг)

— полковник м/с                  Емельянов Ю.Г.(1983-1994 гг)

— полковник м/с                  Казбагаров Р.К.  ( 1994- 2004 гг )

— полковник м/с                  Абдымомунов К.А. , с 2004 -2011гг.

— подполковник м/с                Жарымбетов К.Б. с 2010-04.2012г. временно исполнял обязанности начальника кафедры.

— полковник м/с, к.м.н.                    Исабаев Ж.Т. – с 04.2012г. по настоящее время.

Многие выпускники университета, получившие военно-медицинскую подготовку в стенах кафедры, выполняют свой профессиональный и воинский долг в качестве врачей Вооружённых Сил Республики Казахстан.

Среди них: подполковник м/с Рыспаев Т. – заместитель начальника Центрального медицинского скалада МО РК, подполковник м/с Нагаева Н.Г. – начальник медицинской службы Института сухопутных войск, подполковник м/с Габбасова З.Б. – начальник аптеки военно-клинического госпиталя г.Алматы, майор м/с Васецкий А.Н. – начальник инфекционного отделения военно-клинического госпиталя г.Алматы, майор м/с Даулетова С.А. – начальник отделения функциональной диагностики военно-клинического госпиталя г.Алматы и др..

Три офицера кафедры: полковники Казбагаров Р.К., Калистратов В.С., Жаксигельдинов М.Т. награждены высокой правительственной наградой — орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» III степени.

В настоящее время на военной кафедре университета, руководимой полковником м/с, к.м.н Исабаевым Ж.Т. передают свой опыт студентам 5 старших преподавателей и 1  преподаватель.

На преподавательскую работу офицеры кафедры пришли, имея богатый опыт работы в войсках: подполковник м/с Искалиев Р.И. с  должности заместителя начальника Военного клинического госпиталя МО РК по воспитательной и социально-правовой работе, полковник м/с в отставке Абдымомунов К.А. – с должности начальника Интернатуры медицинского состава ВС РК, полковник Шушбаев М.К. – с должности заместителя начальника военной кафедры АЗВИ, полковник Жаксигельдинов М.Т. – с должности начальника Департамента артиллерийского вооружения МО РК, подполковник м/с Лесбаев А.Т. – с должности начальника медицинской службы бригады, полковник м/с запаса Дмитриев П.В. – с должности начальника военной поликлиники; подполковник м/с в отставке Исаков И.М. – с должности временно исполняющего обязанности начальника Интернатуры ВС РК.

Вместе с ними работают  заведующие учебными лабораториями: полковник в отставке Алшанбаев К.Д. — прибыл с должности начальника учебного отдела Военного института радиоэлектроники МО РК, Уркинбаева Б.М., Свистунова И.А.., старший лаборант Оразалиева Г.Н.

В 2010 году на кафедре создан центр Военно-патриотического воспитания им.Б.Момышулы, который активно участвует во всех воспитательных мероприятиях университета.

Преподаватели военной кафедры регулярно принимают участие в мероприятиях проводимых в масштабах КазНМУ им.С.Д.Асфендиярова.

С 9-го по 18-е сентября 2012 года делегация во главе со старшим преподавателем военной кафедры подполковником м/с запаса Лесбаевым А.Т. произвела поездку по маршруту: г.Москва-г.Смоленск-г.Невель (Псковская обл., РФ) -г.Витебск-г.Санкт-Петербург-г.Уральск-г.Алматы по местам боевой славы Героя Советского Союза Маншук Маметовой к месту ее рождения и гибели.

Делегация привезла урну с землей с могилы Маншук Маметовой, а также ее биографические материалы.

С участием  военной кафедры прошли мероприятия в масштабе университета, посвященные 90-летию со дня рождения Маншук Маметовой (студентка Алматинского медицинского универитета).

В этих мероприятиях принял участие Первый Министр обороны РК – Халык Кахарманы, генерал армиии — Нурмагамбетов С.К.

Преподаватель военной кафедры подполковник м/с запаса Лесбаев А.Т. с группой студентов, обучающихся на военной кафедре принимал участие в спортивных мероприятиях между военно-учебными заведениями и военными кафедрами  г.Алматы.

Военная кафедра участвовала с 04-го по 08-е февраля 2013 года в лично-командных соревнованиях по гиревому двоеборью и армспорту на спортивной базе учебно-тренировочного центра Спортивного комитета Центрального клуба армии МО РК г.Алматы по программе 2-й Спартакиады ВС РК среди курсантов военных учебных заведений.

Изготовлены стенды:

— в честь победы в ВОВ (они защищали Родину);

— Казахстан — 2030;

— о государственных символах Республики Казахстан;

— о деятельности высшего военного руководства МО  РК.

В соответствии с законом РК № 561-IV от 16 февраля 2012 года «О воинской службе и статусе военнослужащего», во исполнение пункта 12 Правил подготовки граждан к воинской службе, организации и проведения, а также формирования учебно-методической базы начальной военной подготовки, утвержденной Постановлением Правительства Республики Казахстан от 11 февраля 2013 года № 118, приказом начальника Алматинского регионального гарнизона от 3 сентября 2013  года № 32 и приказом ректора КазНМУ им.С.Д.Асфендиярова от 15 октября 2013 года № 1546 военная кафедра взяла шефство над 17 средними и специальными учебными заведениями  Алмалинского района города для оказания помощи в организации и проведении начальной военной подготовки, патриотической и воспитательной работы с молодежью.