Одним из тесных можно назвать сотрудничество между Нагасакским университетом (Япония) и КазНМУ им.С.Д.Асфендиярова. На протяжении нескольких лет крепнет связь между двумя университетами: совместные программы в области медицины и образования, программа по обмену студентами, повышение квалификации сотрудников, так же как и между Японией и Казахстаном сложились и развиваются крепкие дружественные отношения.
В марте текущего года на Японию обрушилась страшная трагедия в виде мощного землятрясения, повлекшего за собой цунами. Весь мир, в том числе и народ Казахстана, переживал за население Японии и пытался хоть как-то облегчить боль потери после страшного стихийного бедствия. Сотрудники и студенты КазНМУ не остались в стороне и перечислили денежные средства на специальный счет Нагасакского Университета с пометкой «The Great Earthquake of Eastern Japan». Средства были собраны на дорбовольной основе за счет перечисления однодневной заработной платы сотрудников и ППС КазНМУ, а также из добровольных пожертвований студентов и детей из детского дома, курируемого КазНМУ им.С.Д.Асфендиярова. Таким образом, сумма первого транша, перечиленного в апреле составила 1 534 000 тенге, и в июне текущего года был перечислен второй транш на сумму 1 013 121 тенге. Во время встреч, которые состоялись 5 апреля и 17 июня 2011 года ректор нашего университета Айкан Аканович Аканов передал консулу Японии в РК господину Катамото Масахиро сертификаты о перечислении денежных средств.
29 июля 2011 от Нагасакского университета было получено письмо благодарности на имя ректора КазНМУ А.А.Аканова за оказанную помощь для пострадавших.