По итогам надзорного аудита 1-го года, проходившего в Университете с 11 по 13мая 2018 года, сертификационным органом «SGS (Швейцария), UKAS management systems»вынесено положительное решение о подтверждении действия сертификата соответствия системы управления качеством КазНМУ имени С.Д. Асфендиярова требованиям международного стандарта ISO 9001:2015. Сертификат CH17|0842 действителен с 31июля 2017г. по 19 июня 2020г.