Указом Президента РК Назарбаева Н.А. за № 648 от 5 июля 2001 года «О предоставлении особого статуса отдельным государственным высшим учебным заведениям» вуз получил статус Казахского Национального медицинского университета.
В 2004 году начат прием студентов по специальности «Менеджмент» по заочной и очной форме обучения, с 2007 года обучение в магистратуре по специальности «Медицина», по специальности «Сестринское дело» — бакалавриат.
В КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова работают известные ученые-педагоги Казахстана, академики Национальной академии наук РК, Российской академии медицинских наук, Академии профилактической медицины РК, Международных академий, заслуженные деятели науки и образования, заслуженные врачи и фармацевты.