Микробиология және вирусология кафедрасы 1932 жылы Қазақ эпидемиология, микробиология ғылыми-зерттеу институтының базасында құрылды. Негізін қалаушы әрі бірінші меңгерушісі – профессор П.Ф.Беляков. 1933-1937 жж. Кафедраны профессор И.А.Сутин басқарды. Кафедра ұжымында 4 қызметкер болды. Емдеу факультетінде ғана студенттер білім алды. Практикалық денсаулық сақтау саласының сұранысына қарай кафедра қызметкерлері ішек инфекциясына диагноз қою, олардан сақтану және емдеу жолдарына байланысты ғылыми мәселелермен айналысты.
1938-1932 жж. кафедра меңгерушісі қызметін профессор Н.А.Буланов атқарды. Сонан соң 8 жыл бойы (1939-1947 жж.) кафедраны Е.М.Демиховский басқарды. Бұл кезде кафедраның меншікті базасы болды. Оқытушылардың саны аз және де олардың ғылыми атақтары жоқ болатын. Кафедра ұжымы ішек инфекцияларын зерттеуді жалғастырды және де кене энцефалиті, кокктар қоздыратын іріңді аурулармен шұғылданды. Содан кейінгі жылдары профессор Д.Ф.Цимбалист (1948-1953), доцент Ю.С.Линецкая (1953-1957), профессор Э.И.Штикель (1957-1963) кафедра меңгерушілері болды. Кафедра қызметкерлері энтеробактерияларды, патогенді кокктарды, дифтерия, туберкулез, тырысқақ туындататын вибриондарды зерттеу бағытында ғылыми-зерттеу жұмыстарын жалғастырды.
1963 жылдан 1986 жылға дейін кафедраны профессор К.А.Макиров басқарды. Кафедраның материалдық-техникалық базасы жақсарды, жаңадан бактериологиялық, иммунологиялық, вирусологиялық, электронды микроскопиялық лабораториялар ашылып, қазіргі заманғы аппараттармен жабдықталды. Микробтық ассоциациялар және олардың жұқпалы аурулар патологиясындағы рөлі тақырыбы бойынша ғылыми жұмыстар атқаруға жағдай жасалынды. Сол кезде 21 диссертация (4 докторлық, 17 кандидаттық) қорғалды, 2 оқулық, 1 монография, 5 оқу-әдістемелік нұсқамалар, 5 брощюра, 200-ден астам ғылыми мақалалар шықты. Осы жылы университетке 100 жыл толды.
1986-2001 жылдар аралығында кафедраны медицина ғылымдарының докторы, профессор А.Л.Котова басқарды. Ол кісінің басшылығымен кафедрада 13 оқытушы (2 профессор, 5 доцент, 4 аға оқытушы, 3 ассистент) қызмет етті. Оқу базасы орнықты: термостат, құрғақ-ыстықты шкаф, микроскоп, автоклав, анаэростат, центрифугалармен жабдықталған. Әр сабақта студенттер практикалық (лабораториялық) жұмыстар орындайды.
2001-2002 жж. кафедра меңгерушісінің қызметін м.ғ.к., профессор Қ.Құдайбергенұлы атқарды.
2002 жылдан осы кезге дейін кафедра меңгерушісі қызметін м.ғ.д., профессор Рамазанова Б.А. атқарып келеді. Қазіргі кезде кафедрада 25 оқытушылар жұмыс атқарады: 5 профессор, 7 доцент, 4 аға оқытушы, 9 оқытушы. Кафедра заманауи аспаптармен, аппараттармен жабдықталған; ИФТ, ПТР бойынша арнайы зертханалар және компьютерлік класс ашылды. Профессор Б.А. Рамазанованың жетекшілігімен 2 ғылым докторы, 2 ғылым кандидаты дайындады, 2 оқытушы диссертациялық жұмысын дайындап жатыр.
Университет көлемінде жыл сайын жүргізілетін ПОҚ қызметі саласы бойынша конкурстарда кафедра жүлделі орын алып отырады.
Микробиология күрделі ғылымдардың бірі, сондықтан оны оқып-білу барлық дәрігерлік мамандықтар дайындауда міндетті болып табылады. Кафедрада 2,6 курс студенттері оқиды.
2007 жылдан бастап кафедра ГОСО-2006-ға сәйкес кредиттік технология бойынша жұмыс атқарып келеді. Кафедраның жетекші профессорлары және доценттері медицина саласындағы барлық мамандықтарға арналған микробиология, вирусология және иммунология пәні бойынша типтік бағдарламалардың авторлары болып табылады.
Субординаторлар үшін кафедра қызметкерлері жасаған бағдарламаны іске асыру СЭС-да және ауруханалардағы клиникалық-диагностикалық лабораторияларда жұмыс атқаратын дәрігер бактериологтар дайындауға мүмкіндік береді. Бір жылда орта есеппен 1000-1500 аса студент білім алады. 1990 жылдан бастап машықтану сабақтары және дәрістер мемлекеттік тілде жүргізіледі. Микробиология пәнін қазақ тілінде 18 оқытушы (2 профессор, 4 доцент, 3 аға оқытушы, 8 ассистент) жүргізеді.
Соңғы жылдары 57 кандидаттық және докторлық диссертациялар қорғалды, монографиялар-6, кітапшалар-4, орысша және қазақша оқу құралдары -15, оқу-әдістемелік нұсқаулар 50, тестілер жинағы -8 шығарылды, Жаңалық ашқаны үшін 6 авторлық және рационалдық ұсыныстары үшін – 20 куәлік алынды.
Кафедра базалық мекеме ретінде жаңадан ашылып жатқан Қазақстанның медициналық жоғарғы оқу орындарын (Астана, Шымкент, Семей, Тараз, Кентау, Қызылорда) жабдықтармен, оқу-әдістемелік материалдармен қамтамасыз ету, дәрістер курсын өткізу, емтихан қабылдау, оқытушыларын стажировкадан өткізу т.б. бойынша үлкен көмек беріп отырды.
Кафедрада «Клиникалық микробиология», «Паразитология» курстарын оқыту, «АИВ-ЖИТС», «Туберкулез», «Биоолаңкестік» тақырыптарын инновациялық тәсілмен зерделеу енгізілді. Кафедрада тірі микробтар дақылдарының және арнайы микроскопиялық препараттар жиынтығының мұрағаты бар.
Оқу жылының барысында кафедрада студенттердің ғылыми үйірмесі жұмыс жасайды. Үйірме мәжілісінде студенттер микробиология ғылымының жетістіктерін талдап талқылайды және зерттеу жұмыстарын атқарады. Ғылыми үйірменің студенттері университет және халықаралық деңгейдегі конференцияларда жүлделі орындарға ие болды.
Кафедра қызметкерлері 20 жыл бойы АИВ-инфекциямен күресу шараларына, биолаңкестік және туберкулез мәселелері бойынша тақырыптық конференциялар өткізіп келеді. Жүргізілген зерттеулер нәтижелері бірнеше конференцияларда баяндалды, және де осы мәліметтер бойынша плакаттар, стендалар, муляждар дайындалды, оларды оқу процесінде пайдаланады.
Дүниетанымдық, кәсіптік, патриоттық тәрбие беру үшін студенттер арасында әртүрлі жұмыс-шаралар жүргізіп келеді (Тәуелсіздік күніне, Жаңа жылға, Наурыз, Жеңіс күні, Қазақстан халықтарының бірлігіне, Медицина қызметкерлері күндеріне арналған; ғалымдармен, жазушылармен, өнер, қайраткерлерімен кездесу; музейлерге, театрларға бару; жарыссөздер, дөңгелек стол т.б.)
Микробиология кафедрасы білікті, сауатты, мәдениетті дәрігерлер дайындау мақсатында жоғарғы дәрежелі мамандар қызмет ететін КазҰМУ-нің бір бөлігі болып табылады. Кафедраның құрылғанына 80- жылдай болды және өсуі табысты, жасампаз сипатта. Кафедра университетте, қоғамда, мемлекетте болып жатқан үрдістерге қатысып, дамып келеді.