Сапа менеджмент жүйесі бөлімі. ҚазҰМУ-нің мамандырын дайындау сапасының басқару жүйесі қазір стратегиялық және орташа мерзімді мақсаттарды қалыптастыру арқылы жүзеге асыруға және  міндеттерге жетуді анықтауға, жоо және оның құрылымдық бөлімдерін дамытудың басым бағыты, кешенді жоспар арқылы жүзеге асырылатын стратегиялық менеджмент шеңберінде білім беру қызметінің сапсын жақсартуға бағытталған. Осыған байланысты, 2005ж. ҚазҰМУ-де  СМЖ енгізу үдерісі басталды.        «2015 жылға дейін Қазақстан Республикасында менеджмент жүйесін дамыту бойынша тұжырымдамасына» сәйкес жүргізілді.

СМЖ бөлімінің басшысы: философия ғылымының кандидаты  Сеитова Мара Утегеновна. Қызметкерлер: менеджер Каримова Г.А., инспектор Рамадинова А.П., инспектор Масанова А.А.

СМЖ қатысты сауалдарда барлық құрылымдық  бөлімдердің тиімді әрекеттесуі үшін Сапа бойынша Кеңес жұмыс істейді,  ішкі аудиторлар штаты құрылды, әр құрылымдық бөлімдерде СМЖ бойынша уәкілеттілер тағайындалды, ішкі құжатталған процедуралар жинағы және сапаға сәйкес жоо басқару бойынша ережелер өңделді және енгізілді.

Жыл сайын ҚазҰМУ  жүйені қолдану саласының шеңберінде қызметтер немесе өнімдерге келісілген талаптарға, ұйымдардың саясаты және оның UKAS management systems,SGS(Швейцария)халықаралық сертификатталған орган алдындағы мақсаты жүйенің  жету қабілеттілігін дәлелдейді.2012 жылы SGS Group куәландырған ISO-9001 стандарты бойынша Каспий аймағындағы университеттердегі СМЖ  арасындағы және Қазақстандағы ұйымдардың ішінде үздігі деп танылды.2013 жылы Қазақстан иұтынушыларының Ұлттық лигасында ҚазҰМУ «МІНСІЗ» Халықтық сапа белгісі» байқауының жеңімпазы болды. 2013 жылы Қазақстан Республикасының Президентінің «Алтын Сапа-2013». 2013 жылы ҚР Президентінің премиясы «Алтын сапа -2013» республикалық байқауының «Қызмет көрсететін үздік ұйым» номинациясы бойынша сертификат иегері атанды.Қазіргі таңда менеджмент саласында ҚазҰМУ жоғары және орта басқарушылық аппаратының 100%-ы, университет қызметкерлері мен кафедра оқытушыларының 70%-ы  оқытылды.

ҚазҰМУ Сапа менеджменті жүйесінің қазіргі моделі білім беру қызметінің сапасын қамтамасыз етуде ішкі шарттарын қалыптастыру механизмдерін жасауға және жетілдіруге бағытталған. Сонымен бірге сапа қызметінің басқару құралдары мен әр түрлі тәсілдері қолданылады: білім беру үрдісінің мемлекеттік стандарттық негізгі білім беру бағдарламасынмен сәйкестік бақылауы (ішкі аудитті жүргізу арқылы), профессорлы-оқытушылық құрамның, білім алушылардың қанағттанушылығын бағалау (сауалнама тәсілі), жоо-ғы құрылымдық бөлімшелердің сапа менеджменті жүйесінің жетілуін бағалау және бақылау (сертификаттау мекемесінің сыртқы аудиті кезінде), СМЖ талдауы.

Қазіргі таңда ҚазҰМУ-да сапа саласында халықаралық СМЖ талаптарына сәйкес құрылымдық бөлімше қызметтерін ішкі аудиторлар қызметі арқылы бақылайтын ішкі жүйе құрылған және ойдағыдай қалыптастырылған.

2015 жылы СМЖ білім беру үрдісінің моделі суреттеліп өңделді, барлық негізгі үрдістер бойынша және жоо-ның қызмет түрлері бойынша үрдіс тізілімдері орнатылды, сапа менеджмент жүйесі арқылы білім беру сапасының ішкі шарттарын қамтамасыз ету жолында университеттің басым бағыттары өңделді, тәуекелдіктің бағалау өлшемдері өңделді, сапа үлгілері бойынша электронды негіз құрылды, ішкі аудит жүргізу және жоо-дағы менеджмент негіздері бойынша оқу курстары өңделді.